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都指挥使司设都指挥使一人，正二品；都指挥同知二人，从二品；都指挥佥事四人，正三品。经历司经历，正六品，都事，正七品；断事司断事，正六品，副断事，正七品，以上二属司各有吏目一人；司狱司司狱，从九品。经历司、断事司、司狱司三个职能机构分别负责处理来往公文及刑狱之事。地方若有重大军务，须三司合议，并列署名向朝廷汇报。此外还有仓库、草场大使、副使等掾属。都司内部的分工大体是，都指挥史及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印；一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书；有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。经历、都事则典掌文书，断事处理军队刑狱。遇有战争，朝廷临时派将，并非都司指挥作战。
都司之下，连郡者设卫，要害地系一郡设千户所。卫设指挥使一人，正三品，指挥同知二人，从三品；属员有指挥佥事四人，正四品；镇抚司镇抚二人，从五品，经历司经历，从七品，知事，正八品，吏目，从九品，仓大使、副使各一人。各卫统领本卫及属所的军政，指挥使、指挥同知，指挥佥事的职掌分工，类似于都司。凡指挥使、同知、佥事负责管理卫事者，称为掌印、佥书。掌印主管全卫军士的调拨、增补、选拔以及军旅防御之事；佥书分理屯田、营操、验军、巡捕、漕运、备御等事；出征时，各卫率领共属所听从朝廷所派将领的调度。
每卫大抵5600人，下辖五个千户所，每千户统兵1120人，设千户一人，正五品，副千户二人，从五品，千户、副千户分管军务，一人掌印、一人佥书。镇抚二人（镇抚是专管军纪的官员，百户缺员时可代百户行使职权），从六品。掾属有吏目一人。下辖十个百户所，每百户统兵112人，分为两个总旗。每总旗统兵56人。又分为五小旗，小旗管辖10名士兵。
所有的军政，由卫下达于千户所，千户督百户，百户下达总旗、小旗，大小联比以成军。洪武二十六年（1393），定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
国家一旦遇有战争，由兵部秉承皇帝旨意，委派都督府官或侯伯出任总兵官，事后还任。明初，地方军队领导体制平时和战时不同。平时的军队训练、守御、屯田等都由都指挥、指挥使、千户、百户等层层负责。都指挥是一地区的最高长官。战时由朝廷派出的总兵官，指挥临时调集的某几个卫所或某几个卫所的部分官兵，进行作战。战争结束后，军队各回本卫所。
总兵是由中央派出的，官爵较高，职权较专。如宣府镇，永乐时总兵官的职掌为：“整饬兵备，申严号令，练抚士卒，振作军威。务要衣甲整齐，器械锋利。城堡墩台坍塌以时修治坚完，官军骑操马匹责令饲养膘壮。仍督屯田粮草，并一应钱粮不许侵欺。遇有贼寇，相机战守”。这就是说练兵作战，筹饷由总兵负责。正统以后，明朝由盛转衰，内忧外患加重。在这种情况下长城防线时时处于戒备状态，被朝廷派遣来的总兵官渐渐变成总领一方军事的固定官职，都指挥使是地方性军事长官，渐渐就成为总兵的下属了。这时期的总兵官被称为镇守。镇守以下，独守一路的称为分守。防守一城一堡的称为守备，与主将同守一城者为协守，总兵又分正、副。下设参将、游击将军等。除此以外又有提督、提调、巡视、备御、领班等名。如镇守蓟州总兵官一人，旧设。隆庆二年改为总理练兵事务兼镇守，驻三屯营，协守副总兵三人，统领南兵游击将军三人，领班游击将军七人，坐管官八人，守备八人，把总一人，提调官二十六人。
总兵官变成镇守地方的军队统帅后，再有战事时，朝廷又派中央大臣到地方巡抚，事毕复命。久之，巡抚也成为固定的官职，长驻地方。巡抚多以都御史或副佥都御史充任，其基本职能是监察地方，考核官吏，督理税粮，抚安百姓，控扼险要，固守城池等。以后偏重于军事，整饬边备，提督关隘，赞理军务者越来越多。如成化八年（1472）巡抚余子俊于榆林镇督修长城1770余里。
明朝规定巡抚兼军务者加提督军务，有总兵地方加赞理、管粮饷者加总督兼理等名义。各地巡抚实际上已经掌握一方的民事和军务大权，总兵官、都、布、政三司使都时为巡抚的下属，听其指挥。后来长城防线局势日趋紧张，战争此起彼伏。当时修筑长城，或调兵遣将多涉及几个镇，为调节、辖制各镇，以利统一作战，朝廷又添设总督军务或总制或总理，派重臣出任，有的成了长设之官。
如弘治十年（1497）在长城防线设置延绥、甘肃、宁夏三边总制（总督），并明确诏令总督文武，自总兵、巡抚而下皆听节制。总督具有了广泛的综合权力，出则为一方军政之首，入则为朝廷显官，巡抚、总兵，地方之司俱听节制，举凡行政、军政、司法、监察之权，无不过问。明末，为阻后金军入关，朝廷又将兵部尚书外出经略，后来又派大学士出来督师，权力又在总督之上。
明初地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚，三变而为总督，最后变为督师。这种转变基本是沿着两个方向进行的：一是将平时体制转变为平战结合的体制，二是文官参与军队的管理，加强对军队的控制。
平战结合的这种体制，平时训练军队的将领就是战时指挥作战的军官。为了取得战争的胜利，平时这些将领就要认真操练部队，比卫所军的将领责任心更强；战时将领熟悉所属部队士兵的情况，士兵能较好地体会将领的意图。这对夺取战争的胜利是十分重要的。
文官参与军队管理这种政策却有两面性。一方面有利于部队的稳定和贯彻朝廷的意图，使部队真正成为统治阶级的工具。另一方面使有军事才干的将领受到文官的制约，积极性受到压抑，甚至导致战争的失败。
明朝政府的中央官制
明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿袭汉唐旧制。后来随着明太祖统治力量的逐步加强，才定出自己的一套新制度。据《明太祖实录》卷239载，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕谕文武群臣说：
自古三公论道，六卿分职。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下事务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。
这套制度既不是复古也不完全是创新。然而，经过时间的演变，明中期的制度，与初期却大有差别。
一、三公三孤
明代中枢政务机构初期有三公（太师、太傅、太保）、三孤（少师、少傅、少保）。元代仅置三公，未有三孤。惠帝、成祖时，曾一度废公、孤官，至仁宗时复置。《明会要·职官一》引《弇山集》说：
建文、永乐间，罢公、孤官，仁宗即位，授张辅太师、沐晟太傅、陈懋太保；蹇义进少师、杨士奇进少傅、夏原吉进少保。于是公、孤立官备。
公、孤为皇帝之辅佐官，职位崇高。蹇义、夏原吉、杨士奇、杨荣四人在宣宗时犹受恩宠。《昭代典则》载明宣宗赐玺书说：
古者，师保之职，论道经邦，不烦以政。少师义、少傅士奇、少保原吉、太子少傅荣，皆祖宗遗老，畀辅朕躬。今黄发危齿，尚令典烦剧，兼有司之事，非所以优之也。其辍所务，朝夕在朕左右，讨论治理，共宁邦家。其勋阶爵禄并如故。
自蹇义等以后，公、孤立官无专授，实际上是一种虚衔�