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斯科特急躁地四处打探儿子的下落，但仍然没有结果。他不知道的是，死去的x战警很快就复活了，但他们隐瞒了世人，在暗中秘密活动。玛德琳对丈夫的恨意终于爆发出来，她先与亚历克斯发生了暧昧关系，又接受了两个地狱魔鬼的邀请，在自身超能力觉醒后成为了他们的妖精女王…红皇后，引导魔鬼大军进入纽约肆虐。玛德琳找回了自己的孩子，却打算把他作为祭品杀死。x战警和x因子重会，一起反抗魔军；琴和玛德琳终于面对面地交手，最后玛德琳自取灭亡，她的儿子被简保护起来。
在学校，斯科特一行遇到了惊恶先生，他承认了自己是一直以来操纵斯科特人生的幕后推手：惊恶先生自获得超能力之后就试图干掉压制着他的天启，因而这一个世纪以来他一直在收集和分析变种人的基因；根据他的推断，斯科特和琴的基因结合能够产生压倒天启的强大个体，于是他在斯科特居住于孤儿院时就开始干预，直到他与琴相爱，他都在暗中观察，然而由于凤凰事件，琴看上去死了，惊恶先生就用预备好的dna克隆了她，为其伪造了玛德琳・普莱欧的身份，终于让她和斯科特生下孩子；如今，他的目标就是夺走这个有潜力的婴儿。斯科特等人愤怒地攻击惊恶先生，看似打败了他。
斯科特对琴的求婚遭到了婉拒，他们仍然以朋友关系共事。奴役变种人的国家基诺沙与霍吉结盟，对学校发动了突袭，造成数人死伤，亚历克斯也被洗脑，攻击了同伴，但他及时醒悟，配合斯科特演了一场戏，攻破了基诺沙，推翻了zf。不久之后，天启把目标对准了电索（cable），他设法将一种使有机体变成机械的病毒注入小孩体内，使斯科特眼睁睁地看着儿子走向死亡。这时，一个神秘女人出现，自称askani（意思是“局外人”），来自二千年后的未来，有条件治疗这种病毒，但将不能把孩子送回来。斯科特权衡之后，把儿子交给她带往未来，相信以后再也不能父子相见了。
长期离开的x教授回归后，x战警重组了，x因子的成员都回到老队伍，人数骤增，于是他们分成了由斯科特和暴风分头领导的“蓝队”和“金队”，而亚历克斯和另一批变种人组成了新的x因子，成为接受zf委派的特别行动队。
一个沧桑的雇佣兵电索（cable）出现在大家面前，他似乎是个有精神力量的变种人，但身体已经被改造成了半机械。他虽然不像万磁王一样极端，但同样认为人类与变种人之间的战争不可避免，当务之急是用战士的标准训练年轻变种人。怀着这种理想，他把教授和斯科特的一批年轻学生带进了善战的x…force（x特攻队），以更强硬的手段应对威胁。x战警难以确定电索是敌是友，但他的宿敌stryfe（意为争斗）却行刺了x教授，又绑架了斯科特、琴和天启，拼命折磨他们，理由是自己的一生都被他们所害。斯科特思考着stryfe的身份，随即产生了一个可怕的推测；当stryfe与电索搏斗时，其余人发现他们的外表几乎一样，只是前者的身体没有机械成分。最后两人一起坠入时空流中消失，斯科特已经确信其中一人必是自己的儿子，但已无从了解。
不过随着电索的回归，真相开始显露：askani不是一个人，而是一个团体，她们所在的未来被天启统治。婴儿被带来后，她们为他准备了一个克隆身体，但遭到天启军队的袭击，克隆被抢，天启试图把他培养成自己的下一个寄宿身体，便用各种手段训练他直到成人，就是stryfe；而真正的那个孩子勉强适应了病毒，成长为反抗天启的斗士，用着新名字 nathan dayspring，代号电索。最终天启保持年轻的企图失败，丧失了性命和权力，但和平并未降临，名为“迦南会”的组织和其他势力继续为夺权而激战，stryfe也独霸一方，害死了电索的妻子，教唆他的养子堕落。电索穿越到了过去试图阻止天启崛起，但没成功，反而加速了他的苏醒，而stryfe也追踪而来，从而引发了之前的事件。斯科特面对比自己还老的儿子，花了一番功夫适应。父子达成了谅解，并促进了他们的队伍的合作。随着stryfe带来的一种病毒“legacy”扩散，反变种人的议员克里德遇刺，人类对变种人的敌视越来越强，这时琴终于同意与斯科特结婚，结束了朋友和读者漫长的等待。学校里举行了盛大的婚礼，几支变种人队伍的成员纷纷出席（只有金刚狼声称不来，却暗中躲在远处守望）。雷切尔・萨默斯满足地看着父母终成眷属，自己随后为了救出迷失在时空乱流中的战友英国队长而代替他消失在异界，使凤凰之力再次离开了地球616宇宙。
新婚夫妻去了一个小岛度蜜月，在海边突然昏倒，醒来后发现自己的意识在陌生的身体里，周围是陌生的世界，不久他们遇到了askani族，她们的圣母赫然是已经垂垂老矣的雷切尔，她自述穿越到了这个未来，引导一批精神异能者组成askani族反抗天启，不久前她们把婴儿电索带来，雷切尔决心耗尽自己最后的力量把斯科特和简的元神带到未来训练他们的孩子。就这样，两人在这里待了十几年，把具有精神力的孩子培养成才，但没告诉他自己的真实身份。临别时，斯科特对儿子说：有朝一日你会成为一条联结过去与未来的电索。回到20世纪后，夫妻俩发现距他们昏倒只过去了五分钟。
之后二人听说学校遭到机械病毒变异生命体phalanx的攻击，急忙赶回，与金刚狼汇合攻击敌方老巢；不久，x教授的儿子穿越到过去刺杀万磁王，却误杀了年轻的教授，导致历史改变，天启在十几年中征服了北美，万磁王组织x战警反抗他。这个世界的斯科特是天启四使徒之一惊恶先生手下大将，但暗中在帮助奴隶逃亡；简是万磁王的学生，但被特工x武器（金刚狼）带走；凶兆先生和正史一样，决心用斯科特和简的基因制造出超越天启的变种人，在两人并没见过面时，惊恶先生就成功制造了一个试管婴儿内特・格雷（x…man），他具有惊人的精神力量，但后来在反抗者的引导下站在了x战警一边；万磁王在最后决战中打倒了天启，琴耗尽力量阻止了欧洲发射的，和斯科特一起遭到了心存嫉妒的亚历克斯攻击；在这瞬间，历史被其他英雄修正，天启时代成为平行世界，不过内特・格雷却穿越到了正史世界，并得知自己与电索是平行世界对应个体。
在正史世界，斯科特和琴又一次被一个askani族的女人带到了19世纪中期的伦敦，被要求阻止天启在这个时代的行动，在这里他们见证了惊恶先生的诞生，也遇到了萨默斯家的祖先；不久，x教授受万磁王的恶念影响而分裂出一个恶魔般的强大精神体onslaught，差点毁灭世界，神奇四侠和复仇者的大部分英雄与onslaught同归于尽。教授一度被zf收押，负责处理变种人威胁的神秘男子棱堡发起了“零容忍行动”，把普通人改造成机器哨兵追捕变种人，x战警几乎覆没；斯科特的心脏部位被植入定时炸弹，金刚狼等合力通过危险的手术治好了他。此后斯科特和琴去了阿拉斯加修养，这时斯科特发现原本厌恶凤凰的妻子突然换上了凤凰的称号和装束，感到困惑。
两人过了一段尚算平静的生活，但是再次出现的天启把金刚狼改造成了使徒，和外星人斯克鲁尔族联手策划阴谋，迫使他们回到x战警。天启的目的是把十二个具有特殊能量特性的变种人集中起来，包括斯科特一家三口、教授和万磁王等，他们的不同能量能够通过特定的方式由天启吸收，然后他再占据内特・格雷的身体，成为终极的存在。在关键时刻，斯科特与天启搏斗起来，使两人融合成了一个。天启占据了主导，最后带着计划失败的遗憾逃跑了，教授已经感觉不到斯科特的思维，判断他已经死亡，所有人中只有简不相信。
数月后，看似斯科特的人出现在中东，琴和电索经过一番周折把他与天启分离。斯科特在合体期间切实体会了天启的邪恶，虽然恢复，但精神状态有所异化，与妻子之间出现了交流困难。教授的孪生生命体卡桑德拉・诺瓦在基诺沙大肆屠杀变种人，占据教授的身体把学校的秘密公诸于世，于是教授开始公开招收变种人学生。已经与x战警合作多时的前白皇后爱玛・弗洛斯特和斯科特夫妻一起主持校务，她和斯科特接触密切，并在心理治疗时与他在精神空间发生�