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1998年5月25日，细菌战诉讼第二次开庭，王选和律师向法庭提出申请：对记录细菌战的《井本日记》进行证据保全。第四次开庭时，王选再次书面提出《井本日记》原件的保全请求。被告日本政府立即向法庭申明：《井本日记》是个人的笔记，从保护个人私生活的观点来说，不能提交。于是关于《井本日记》的争夺贯穿了细菌战诉讼一审的整个过程。
当得知井本还活在世上，1998年7月一濑敬一郞和森正孝特地到井本的家里对已经95岁的井本进行了访问。井本雄男神志清醒，对当年的事记得很清楚。井本是能够找到并还活在世上少有的知道高级机密的历史见证人。以他当年所承担的职务来说，井本清楚细菌战攻击中国的所有情况，只要井本成为细菌战诉讼的证人，历史的疑团就不难解开。
一濑敬一郞带着录音机，录下了这次见面井本所说的每一句话。井本答应将自己的日记提交给法庭的要求，但最后提出要“给政府方面的律师看日志后，才可以提交”。
然而在和日本政府方面的代表谈过之后，事情大变。《井本日记》的提交遭到了阻挠。
《井本日记》是日本政府拼死都要护住的秘密，因为这是一份不小心暴露了的、无论如何都不能抹杀的证据。
在第四次开庭时，日本政府的代表说：“《井本日记》是笔记本形式，即是个人笔记，从保护个人隐私的观点来说，不能提交。”并撒谎说：“井本先生本人也以保护私生活为理由，拒绝提交。”
王选和辩护律师据理力争：“《井本日记》是总参谋部人员的业务日志，是公文，而正因为是公文才至今还保管在防卫厅，并到1995年才因为战争研究及学术研究而公开。不仅仅只有一本《井本日记》。1986年美国下院的公听会上，美国陆军档案管理部长哈契作证：美国已经将731相关文件于20世纪50年代末到60年代初装箱返还给了日本。这些材料何在？日本政府为什么不公开？”
中国细菌战原告们向日本法庭递交诉状提出诉讼要求，这在日本社会引起很大震动。细菌战诉讼团乘势委托日本参议院议员栗原君子质询日本首相桥本龙太郞。1997年12月17日，参议院预算委员会上栗原君子议员问：“美国归还的资料现在保存在哪里？我的调查是，这部分材料最初放在外务省复原局，后来转到防卫厅，现在它们在哪里？”
防卫厅防卫局局长佐藤的回答是：“昭和33年，接受了美国扣押的旧日军的资料，约有4万份资料保存了下来。我们认为其中不存在表明731部队活动状况、该部队与细菌战有关联的资料。”
栗原君子要求防卫厅公开当年移交时的清单，但佐藤却回答：“不知是否有这份清单。”从而拒绝了栗原议员的要求。
1998年4月，细菌战诉讼团为了《井本日记》能够成为法庭的证据而积极努力。如果此事能够成功，将是一个标志性事件：被日本政府封锁得如铁桶般的有关细菌战的资料公开面世。
1998年4月2日，受细菌战诉讼团委托，日本参议院总务委员会上栗原议员再次质询内阁官房长官村冈、防卫厅防卫局防卫政策课课长大古、外务省亚洲局参事官薮中、厚生省社会援护局业务课课长竹之下。日本《时报》1998年5月25日26版刊登了质询原文，标题是《日本国会围绕日军731部队的一场论战 栗原君子舌战官房长官》。
。。
就一本日记展开的较量（2）
栗原君子：去年2月，有政府官员说从美国返还的4万份资料中有4份被确认为是有关731的资料，这是很有冲击性的事实。去年，中国细菌战受害者向东京地方法院提起了诉讼，从这些情况来看，我认为政府有调查确认这一史实和公开有关史料的义务，作为官房长官你对这一义务和责任有何想法？
村冈：到目前为止，经过政府内部调查，政府保存资料中没有731部队活动情况的材料。如果有这方面新材料发现的话，我们会将它作为历史事实加以严肃对待。
栗原君子：政府的调查也许进行得不十分彻底，但是我和我的办公室人员带来了这方面的史料。就这些发现的史料，我想政府方面应该进行调查和确认工作。如果确实存在这回事的话，官房长官能否就公开有关史料做出保证呢？
村冈（沉默不语）。
薮中：刚才栗原参议员提到的731部队资料，我和外务省的干部对（美国归还的）全部资料进行过调查，并没有发现有731部队的史料存在。
栗原君子：但是，我所掌握的历史资料中，有昭和十五至十七年（1940至1942年）日军对中国浙江省的宁波和金华、江山，以及和湖南省的常德等地实施细菌战攻击的详细记录。旧日军在什么时候什么地方实施了这一攻击，或者说，对于这一事实政府是否承认？这是我首先要问的问题。
薮中：说到731部队资料，除了防卫研究所内所保管的那些资料外，我们政府内，在外务省中，根据现在为止的调查确认，没有与731部队相关的任何资料。
从内阁官房长官村冈兼造毫无表情的脸上，读不出他内心的想法，但作为政府的代表，他说出的话让人震惊：我是第一次知道731部队这个名称和这回事！
对于日本政府来说，731部队是从来都不存在的，更不用说什么有关这方面的资料，进而日本从来就没有在第二次世界大战中使用过细菌武器更是顺理成章，至于对来自美国、中国和日本的学者所掌握的证据，日本政府一概视而不见！
对于日本政府的这种态度，细菌战诉讼团进一步提出要井本雄男出庭作证的要求。这一要求立即遭到政府代表的强烈反对，他们认为井本雄男年事已高，不适宜出庭作证。王选代表原告团将会见井本时的录音提交给法庭，证明井本身体状况完全胜任出庭作证，并着力证明《井本日记》是战地业务日记，不是私人日记，不存在隐私的问题。
就在此时，日本共同社记者采访了井本，并发表了题为《沉默的文件》一文。记者的采访再一次证明井本神志清醒，记忆准确。井本在接受记者采访时，承认了作为陆军参谋参与细菌战的事实。他还请代理人提出了《对命令提交有关原告要求的文书的意见》，认定了下列事实：
不否认井本在某种程度上参与了参谋本部的细菌战，负责在参谋本部作战科与石井大佐的联络，向石井部队下达了细菌战作战的命令。
1999年2月18日细菌战诉讼团再次委托田中甲议员质询日本政府。在日本众议院国会预算委员会第一分科会议上，田中甲向出席会议的国务大臣总务厅长官太田诚一、国务大臣防卫官野吕田芳成、政府委员内阁审议官、内阁总理大臣官等发问，这是日本议员第五次就细菌战问题质询日本政府：
田中甲：。。。。。。日本是不是在澄清历史的问题上太欠缺了一些，战争过去了五十三年，我们是不是应该好好补上这堂课？日本一直没有认真考虑这个问题，却在另一方面考虑得太周到，如日美新安保条约，在条约的基础上又在发展新的引导系统，要确立有事法制。这使亚洲各国对日本更加不信任。。。。。。。不知国务大臣对此如何看待？
野吕田大臣：关于历史认识我们以1995年8月15日村山总理大臣谈话为基础，重视了亚洲的外交，还对战后遗留问题进行了商讨。
田中甲：我们不能空洞地讲历史认识，而应着重把历史弄明白。我觉得那是填补历史认识之沟的唯一方法。国会在应付国家事务中做了很多工作，但不能否认国会立法府立法不积极也给国家带来了很多被动。对于这种情况长官有什么意见？
野吕田：能够理解你所指的重要性，但那未必是防卫厅所管。
田中甲：现在能就防卫厅所藏旧日军资料总量，还有管理状况以及公开的比率简单回答一下吗？
佐藤谦：防卫厅防卫研究所图书馆里现在战前资料大约保管116000册，这些资料原则上是公开的，但是关于寄赠还有寄托的资料是不公开的。公开战史资料大约有109000册，占总量的94％而非公开的资料大约有7000册，只有6％。
在这次质询会上，对于731的问题，日本政府终于承认有一个这样的部队名称，但是不能确认这个部队是从事细菌战研究和对中国的细菌战攻击。关于美国归还的资料保管在何处的问题，日本政府的回答是：“这个问题太突然，无法回答。”
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