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8号、辽棉9号；西北内陆棉区推广军棉1号和新陆早1号，其中军棉1号在西北内陆棉区推广应用时间持续到21世纪初。经过这次换种，我国自育陆地棉品种基本普及，品种的丰产性有较大提高。
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（四）抗性育种与我国棉种的第五次更换（）
20世纪80年代中期至90年代中期，棉花枯萎病（Fusarium
vasinfectum
）和黄萎病（Verticillium daliae
Kleb。）呈快速发展态势，对棉花生产造成的损失日益严重，因此从遗传育种角度控制上述病害成为棉花育种目标的新内容。该阶段育种目标是在高产、早熟的基础上考虑影响棉花生产的枯萎病和黄萎病，并培育早熟、优质、抗病的春套棉和短季棉品种。中棉所12是在西北农业大学高永成教授提出棉花品种病地鉴定和强化选择理论后，由中国农业科学院棉花研究所谭联望等认真总结育种经验，通过选择高产、抗病的引进品种乌干达3号和优质、广适的邢台6871作亲本，杂交后代连续在试验田接种棉花枯、黄萎病病菌，连续鉴定和强化选择育成的品种。
中棉所12打破了高产与抗病性和纤维品质的遗传负相关，先后通过国家和河南、山东等6省审定，推广范围遍及全国三大棉区的12个产棉省，至1993年累计推广种植730万公顷，1990年获国家发明一等奖。
中棉所17是以抗病、优质材料7259×6651的后代为母本，以早熟、高产的中棉所10号作父本进行复合杂交育成，具有早熟、高产、优质、抗病、综合性状优良、适于麦棉套种等优良特性，1990年通过山东省审定和全国审定。该品种生育期125天，是黄淮海棉区麦棉套种的主导品种；株型紧凑，适播期长，抗枯萎病、耐黄萎病，纤维品质优异，洁白有丝光；耐盐碱，适于黄淮海棉区麦棉套种和滨海滩涂碱地种植。中棉所17累计推广种植75万公顷以上，对于发展麦棉套种，缓解粮棉争地矛盾，以及开拓滨海滩涂碱地植棉有重要意义。
中棉所16是从中10选系×辽4086组合后代中经连续选择而成的抗病、早熟短季棉品种，1990年通过河南、山东省审定。该品种生长发育快，生育期114天，吐絮期落叶晚，表现早熟不早衰，丰产、优质，高抗枯萎病、兼抗黄萎病，成功地解决了麦田夏套棉早熟、抗病和不早衰的难题，累计种植面积67万公顷以上。至此，中棉所系列品种成为我国棉花生产的主导品种，迅速覆盖黄河流域、长江流域和西北内陆三大棉区。“中”字号棉花品种年推广面积270万公顷左右，占全国棉田面积50％。长江流域以泗棉2号、江苏棉1号、盐棉48和鄂抗棉5号为主。特早熟棉区推广辽棉12。
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（五）转基因育种与我国棉种的第六次更换（）
自1995年以来，随着现代生物技术的发展和棉花生产中棉铃虫、棉红铃虫的严重危害，棉花育种目标迅速调整，在黄河流域和长江流域逐步以培育和推广转基因抗虫棉和杂交棉的迅速推广为特征，分子育种技术与常规技术相结合，品种的科技含量进一步增加。
进入20世纪90年代后，棉铃虫和红铃虫的危害成为我国棉花生产的灾难性害虫，棉铃虫每年造成的直接经济损失高达100亿元以上。继美国Agrocitus公司成功构建来自苏云金芽孢杆菌的Bt基因并在棉花上表达后，美国孟山都公司采用改造土壤农杆菌的Ti？质粒转化载体的启动子，即在35s小亚基作启动子的基础上加入重复的强化表达区，使基因合成毒素的表达水平提高了100倍。同时，在不改变Bt基因合成毒蛋白的氨基酸序列的情况下，对Bt基因进行修饰改造，对构成该基因的21％的核苷酸序列进行相应的替换，使A、T、G、C四种碱基趋于平衡，使其更适合在植物中表达。这样，Bt基因合成杀虫晶体蛋白的量从原来的占可溶性蛋白的0。001％提高到0。05％～0。1％，抗虫效果得到明显改善。美国育成的抗虫棉品种33B、99B迅速占领中国棉种市场，至1998年，美国抗虫棉面积占我国抗虫棉总面积的95％，我国民族育种业面临严峻挑战。
中国农业科学院生物技术研究所继成功构建具有自主知识产权的Bt基因后，又构建了Bt与豇豆胰蛋白酶抑制剂（CpTI）双价基因的复合体，使我国成为世界第二个拥有抗虫基因自主知识产权的国家。河北省石家庄市农业科学院把该双价基因导入石远321，育成的双价抗虫棉sGK321于2001年通过河北省审定，2002年通过国家审定；中国农业科学院棉花研究所合作把该双价基因通过花粉管通道法转入中棉所23，育成的中棉所41抗虫性强，产量与抗虫杂交棉中棉所29持平，于2002年通过国家审定，2007年获得陕西省科技进步一等奖，至2008年，在黄河流域6省累计推广面积265万公顷，2009年获得国家科技进步二等奖。中棉所45、47等双价抗虫棉相继问世，我国推广种植抗虫棉面积迅速扩大，品种综合性状不断提高。据统计，1998年我国抗虫棉面积共25万公顷，我国自育品种面积小于5％；2002年抗虫棉总面积194。3万公顷，国产抗虫棉面积为73。3万公顷，占抗虫棉总面积的38％；2004年抗虫棉总面积310。4万公顷，国产抗虫棉面积186。7万公顷，占60％；2006年国产抗虫棉面积已占我国抗虫棉面积的80％以上，彻底结束了美国抗虫棉垄断我国种子市场的被动局面。
此阶段我国转基因抗虫棉育种成绩斐然，主要育成品种有我国第一个国审双价转基因抗虫棉中棉所41以及中棉所45，山东棉花中心的鲁棉研15、16和河北省石家庄农业科学院的sGK321。西北内陆棉区大面积推广中棉所35、中棉所36、中棉所43、中棉所49和新陆中5号等。这次换种的显著特征是：常规育种技术与生物技术密切结合，育种水平和效率显著提高，我国棉花的抗虫性得到明显改善，我国自主知识产权的抗虫基因广为应用，节本增效和保护生态环境初见成效，2001—2006年我国棉田面积、总产及单产持续增加，在世界棉花生产中占重要地位（表1？1）。
表1？1 2001—2006年全国和世界棉花种植面积、总产和单产比较
注：世界数据来自USDA，中国数据来源中国农业部
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（六）现代育种技术的发展与品种改良（）
分子标记辅助育种是继转基因育种之后新兴的分子育种技术，与传统育种技术相比较，具有跟踪目标基因（性状）、提高育种效率、减少遗传累赘等优点。中国农业科学院棉花研究所和南京农业大学对棉纤维品种的研究中发现了控制纤维比强度的主效基因fs1和其他8个基因，可以解释30％的比强度变异；河北农业大学马峙英等构建了高纤维强力种质系苏远7235的细菌人工染色体（BAC）基因文库，为优质纤维基因克隆奠定了基础；浙江大学祝水金等用扩增片段长度多态性（AFLP）标记进行陆地棉黄萎病抗性基因辅助筛选。
生化辅助育种是中国农业科学院棉花研究所提出并率先采用的棉花辅助育种技术，2005年申报国家发明专利。其核心内容是通过研究各种生化指标包括各种酶系统如超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶等及氧化产物、生长素、脱落酸等在不同类型品种不同生长发育时期的变化规律和遗传特性，根据不同种类生化物质的变化及其遗传规律，建立起的辅助育种指标体系，确定各种生化物质的相对选择标准、选择范围、选择酶活量和选择时间，以增强育种选择的精确性，加快育种进程的育种方法。应用生化辅助育种技术已成功培育出早熟不早衰的短季棉中棉所20、中棉所24、中棉所27和中棉所36等优良品种。
近几年，全国棉纺业呈快速飞跃发展态势，全国棉纺产量从2001年至2006年连续6年保持两位数增长，2006年纺纱1722万吨，年递增17。8％。按64％用棉计算，纺棉1120万吨，与新品种的培育和大规模产业化有重要关系。
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（一）棉花育苗移栽技术对棉花生产发展的作用（）
棉花育苗移栽技术是延长棉花生长期、实现麦棉双丰收的重要举措，是我国棉花栽培技术突破的重要标志，在我国黄河流域麦棉两熟栽培和长江流域一熟和两熟种植区被广泛应用。
育苗移栽技术形成于20世纪70年代，80年代以后得以广泛应用，该技术主要解决了棉花栽培中的以下问题：
1。 保证苗全苗壮 营养钵育苗一般苗龄