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胡明复英年早凋，除了《科学》杂志，他亲手参与创办的大同大学理数研究会也出版了纪念专册，很多生前友好追忆往事，肯定他短暂而有意义的一生。连刚刚诞生的南京国民『政府』都发出褒扬令：“该故博士胡明复，尽粹科学，志行卓绝，提倡科学，十年不倦……勒碑礼堂，永留纪念，以示『政府』提倡科学、爱惜人才之至意。”
1929年，胡明复去世两年后，“中国科学社”同人在他生前热爱的西湖畔，南高峰下烟霞洞旁为他选择了墓址，这是西湖早年名胜之一，晋代就有僧人在此结庵，6年前胡适曾在这里养病数月。7月21日，“中国科学社”为胡明复举行隆重的公葬仪式，灵柩上覆盖着社旗，祭坛设于烟霞洞大厅，杨杏佛、竺可桢、吴有训等社友纷纷从北京、南京、上海等地赶来，有70多人参加了葬礼。蔡元培亲笔题写墓碑：
中华民国十八年七月二十一日中国科学社葬
胡明复先生于此蔡元培敬书
这块墓碑在“文革”中遭到破坏，有些字已看不到了，还有明显的水泥补丁。
杨杏佛撰写的墓铭说：
知无涯兮生有涯
愿焚身以创造人类之光明
世方沉醉于富贵毁誉兮
先生独致力于无名
力尽兮心安
死生成败何足论
江流不尽兮山『色』长青
千秋万岁兮永护佳城
这首墓铭由赵元任谱曲，当年8月在北京召开的“中国科学社”第14次年会上传唱。
“中国科学社”是怀抱科学救国梦的一批留学生在美国发起成立的，一个纯粹的民间学术团体，也是中国最早的综合『性』科学团体，他们出版的《科学》杂志是中国最早的现代科学期刊，提倡科学、传播新知是他们办刊结社的目的，胡明复是最重要的几个中心人物之一，时在1915年。我们不会忘记，这一年正是陈独秀在上海创办《新青年》前身《青年》杂志的年份。他们隔洋相望，遥为呼应，在彼此毫不知情的情况下，想到了一块。
1914年6月10日黄昏，美国康奈尔大学，胡明复、赵元任、任鸿隽、周仁、秉志、杨杏佛等中国留学生聚在一起，讨论世界走势和中国未来。有人提出，中国最缺乏的莫过于科学，我们为什么不出版一种专门向中国介绍科学的杂志呢？这个提议立即得到在场所有人的赞同。他们决定组织科学社，创办《科学》杂志，暂时采取公司形式，入社须交股金，作为出版杂志的资本，大家公推胡明复、任鸿隽、杨杏佛三人起草招股章程。章程确定《科学》月刊“以提倡科学，鼓吹实业，审定名词，传播知识为宗旨”，决定发行股份票40份，每份美金10元。任鸿隽、赵元任、周仁、秉志、章元善、过探先、金邦正、杨杏佛、胡明复，这9个在《科学》月刊“缘起”签名的人就是科学社发起人。
《科学》初创主要靠几个发起人撰稿，他们分组合作，常常是任鸿隽、胡明复一组，赵元任和杨杏佛一组。接下来的暑假里，胡明复、赵元任、任鸿隽等人就开始为即将创刊的《科学》撰写稿件，仅胡明复一个人就为前三期写了10篇文章，包括创刊号上发表的《万有引力之定律》，第二期发表的《算学于科学上之地位》，以及《近世科学的宇宙观》等，他还负责审稿和编辑工作。据说当时留学生加入科学社非常踊跃，几个月内就有70多人，股金达到500美金，稿件已准备了三期，并全部编辑完毕。1915年1月，有史以来第一份综合『性』的中文科学期刊《科学》在美国问世，时在第一次世界大战初期，袁世凯酝酿称帝时。
爱迪生得知《科学》创刊曾感叹“伟大中华民族在觉醒”，李约瑟称许这个杂志可与美国science和英国natuee相提并论，称之为科学期刊的aamericanbbritiancchina。在未来的很长时期内，《科学》都是中国最重要的学术期刊之一，到1951年停刊，共发行了35年。
因为有人觉得光是发行一个杂志远远不够，提议改组科学社。1915年春天，科学社董事会征得多数社员的同意，指定胡明复、任鸿隽、邹秉文三人起草新社章。1915年10月25日，他们拟订的社章经表决通过，正式定名为“中国科学社”，宗旨为“联络同志，研究学术，以共图中国科学之发达”。“不但是传播新知以促进科学的研究，还要发表研究结果以建立学术的威权。”他们选举任鸿隽为社长，赵元任为书记，胡明复为会计，他们三人和秉志、周仁5人组成第一届董事会，杨杏佛为编辑部部长。“中国科学社”的成员也不完全限于学习自然科学的，任鸿隽邀请心仪的才女陈衡哲加入，她回答自己不是学科学的。任鸿隽说：“没关系，我们需要的，是道义上的支持。”
胡明复是《科学》和“中国科学社”最重要的创始人之一，《科学》初期的编辑、主要撰稿人，也是“勤劳独著”的经理人之一，历任董事、会计、理事等职。“中国科学社”创立之初，在组织上，他发表的意见很多，最能得到同人的赞许。几个年轻人自创科学社团，毫无经验可循，全靠自己『摸』索，直到1916年在美国开第一次年会，社长任鸿隽查了英国皇家学会的历史，才发现竟有许多不约而同的地方，大家引以欣慰，“由此也可以知道明复的见解和识力了”。他对科学社的另一重要贡献就是他的理财本领，从1914年筹款招股准备出版《科学》起，他就被推为会计，到1915年“中国科学社”成立，1918年迁到国内，直到1925年由过探先接替。科学社经费时常发生困难，幸亏他善于理财，十多年如一日，才使科学社和《科学》杂志能正常运转。“他既是算学家，用钱又非常的谨慎，所以科学社虽自成立以来，同别的学社一样，常常闹经费困难。但从没有受过窘迫，使其事业受一点停顿或间断的影响。”任鸿隽说自己曾留心过，算学家是不作兴算错账的，但是明复若有算错的时候，那吃亏的一定是别人，不是科学社。所以他常常笑说，“明复是一个理想的会计。”
“中国科学社”核心成员分散全国各地，胡明复在上海坚守阵地，长达10年，主持《科学》的编务和科学社的社务。他认为，他们这一代生长在科学落后、苦难深重的中国，为使中国真正摆脱这种状态，需要许多人做奠基『性』的工作。所以，他经常说：“我们不幸生在现在的中国，只可做点提倡和鼓吹科学研究的劳动。现在科学社的职员社员不过是开路的小工，哪配称科学家。中国的科学将来能与西方并驾齐驱、造福人类，便是今日努力科学社的一班无名小工的报酬。”为了中国科学社图书馆和中国科学图书仪器公司，他曾和任鸿隽等社友四处奔走筹款，可惜他生前未能看到这两个机构的成立。
1926年，长期苦于经费匮乏的“中国科学社”得到中华教育基金会董事会的一笔捐款，蔡元培称誉其“富有远见”。1927年，南京『政府』又拨了40万国库券。从此，它才有了一点较为稳定的经济基础，并利用这些财政援助，迅速扩大了活动范围，包括定期出版科学专题论文集和期刊，从事科学教育的改革和科学名词的标准化，参加国际『性』的科学会议，经常主办各种科学专题的公开讲座，以及科学图书馆、生物研究所等。1936年3月，身为国立科学最高机构中央研究院院长的蔡元培发表《中国的中央研究院与科学研究事业》文中，对“这个促进中国科学发展的最著名的私人学社”——“中国科学社”作了很高评价：“这个学社从它创建的那天起，就一直面临着严重的经费困难。它之所以能坚持下来，完全在于它的创建者对事业的坚定信心和高尚的献身精神。”
此时，胡明复墓木已拱，他再也听不到这些话了，但他为科学社的创立、发展所付出的艰辛努力，同人们始终铭记在心。1929年，科学社建立起一个稍微像样的科学图书馆（1931年落成开放），就取名“明复图书馆”，以纪念这位创始社友。
今天知道胡明复的人已越来越少，胡适在《追想胡明复》一文中说，1910年7月，他到北京参加留美官费考试。发榜那天，他坐了人力车去看榜，到史家胡同时，天已黑了。他�